Вычислить математическое выражение в cron

Вы избежали одного знака процента, а не другого:

$(($(date +\%u)%2))
               ^
              HERE

Все знаки процента в записи crontab должны быть экранированы, потому что % имеет там особое значение. Цитата из crontab (5 )man-страницы:

The entire command portion of the line, up to a newline or % character, will be executed by /bin/sh or by the shell specified in the SHELL variable of the crontab file. Percent-signs (%) in the command,unless escaped with backslash (), will be changed into newline characters, and all data after the first % will be sent to the command as standard input.

^{Правда, этот абзац можно было бы сформулировать лучше.}

Так и должно быть:

$(($(date +\%u)\%2))