Обновление системы в arch linux с /boot в отдельном разделе?

Вы всегда должны монтировать /boot с записью в /etc/fstab.

Во время загрузки загрузчик читает раздел /boot. Ничто не использует каталог /boot во время выполнения, кроме обновлений или ручных изменений. Это означает, что файлы в каталоге /boot вашего раздела / неуместны и сбивают с толку. Вы должны удалить их.

Вы можете (автоматически) монтировать тот же раздел /boot в других операционных системах, но вы должны установить только один загрузчик.