Думаю, он сработает всякий раз, когда текущая минута кратна 180, то есть в час (0 минут). Вместо этого я бы попробовал
0 */3 * * * * my_script.py
. (Интересно, что man 5 crontab
немного умалчивает о том, что происходит, когда вы указываете шаг, который не делит количество часов / минут / дней, но я полагаю, что * / 17
будет быть таким же, как 0,17,34,51
.)