Все ли открытые файлы отображаются в выводе lsof?

Перед изменением размера файловой системы необходимо расширить раздел.

Один из способов сделать это - использовать fdisk. Допустим, у меня есть диск 20 Гб с разделом 5 Гб следующего вида:

fdisk /dev/sda
> p
Disk /dev/sda: 20 GiB, 21474836480 bytes, 41943040 sectors
...
Device     Boot Start      End  Sectors Size Id Type
/dev/sda1        2048    40957    43005   5G 83 Linux

Сначала я удалю свой раздел, затем создам другой, начинающийся в том же секторе и заканчивающийся в конце диска, используя тот же тип раздела.

Command (m for help): d       
Selected partition 1
Partition 1 has been deleted.

Command (m for help): n
Partition type
   p   primary (0 primary, 0 extended, 4 free)
   e   extended (container for logical partitions)
Select (default p): p
Partition number (1-4, default 1): 
First sector (2048-41943039, default 2048): 
Last sector, +sectors or +size{K,M,G,T,P} (2048-41943039, default 41943039): 

Created a new partition 1 of type 'Linux' and of size 20 GiB.

Command (m for help): p
...
Device     Boot Start      End  Sectors Size Id Type
/dev/sda1        2048 41943039 41940992  20G 83 Linux

Если вы уверены, что раздел начинается с того же смещения, то вы можете записать свои изменения:

Command (m for help): w

Ваша ОС может не успеть перезагрузить таблицу разделов, и тогда вам придется перезагрузиться. Или, при использовании съемного носителя, просто отсоедините/подключите его обратно.

Затем вы сможете использовать resize2fs.