Самый гибкий и простой вариант, который я нашел, это AUFS, например. :
mount -t aufs -o "br=CustomFolderToWriteAt:CustomTopOverriderFolder:CustomInBetweenOverriderFolders: CustomLowestPriorityFolder" none CustomMergedMountPointFolder
CustomFolderToWriteAt будет содержать все модификации, которые будут записаны в CustomMergedMountPointFolder, даже если вы коснетесь
файла, он создаст полную копию такого, там.
CustomInBetweenOverriderFolders, здесь их может быть много, разделенных ":".
Изменения в других пользовательских папках мгновенно применяются в объединенной папке CustomMergedMountPointFolder.