/etc/php5/apache2/php.ini
загружается по умолчанию при работе под libapache-mod-php5 я не уверен, как это можно сделать из командной строки, , но вы можете указать файл ini, который будет загружен вручную, используя - php-ini
параметр командной строки.
Например:
$ php --ini --php-ini /etc/php5/apache2/
Однако кажется, что даже в приведенном выше случае /etc/php5/cli/conf.d
анализируется. По-видимому, чтобы переопределить этот каталог, вам может потребоваться установить его во время компиляции, см .: https://stackoverflow.com/questions/15183218/php-cli-does-not-use-additional-ini-files