Откуда crontab получает адрес электронной почты пользователя, которого он отправляет по электронной почте / где задаются адреса электронной почты пользователей?

Решение - как предложил @OleTange в комментарии - обновить до более новой версии parallel, т.е. GNU parallel 20161122. Все снова работает.

И лучше защищать команды от взаимодействия с оболочкой одинарными кавычками, т.е.:

parallel --bar 'ffmpeg -i {} -map_metadata 0 {/.}.flac' ::: *

и

parallel --bar 'ffmpeg -i {} -vn -ar 44100 -ab 128k -map_metadata 0 {/.}.mp3' ::: $@