Смена владельца файла резервной копии, созданного с помощью backupninja

Нет, это не атомарно. Btrfs receive создает субтом, так что это атомарно, но изначально субтом пуст. Затем btrfs receive заполняет подтомник входящими данными.

Вы можете проверить это, перейдя по cd'ing в DEST во время выполнения резервного копирования и выполнив ls или find несколько раз.