Используйте dd, чтобы получить каждый из блоков с диска в отдельные файлы, проверить косвенный блок на предмет оставшихся блоков, а также получить их. Используйте cat, чтобы соединить их вместе (не включайте косвенный блок). Надеюсь, что они хорошие. Часто файлы pdf сжимаются, что очень затрудняет восстановление данных, если хотя бы один блок неверен.