В Linux-системе без запущенного X, как назначить нужную клавишу windows на нужную клавишу управления?

Это можно сделать с помощью loadkeys, который требует наличия файла конфигурации клавиатуры (который можно получить, используя dumpkeys).

Сложная часть, конечно, заключается в определении соотношения между именами клавиш в X и в консоли.

Дополнительная литература:

• keymaps - описания клавиатурных таблиц для loadkeys и dumpkeys
• Re: использование клавиши "windows" в качестве клавиши escape
• Как изменить консольную карту в Linux?
• 7.6. Настройка консоли Linux (Linux From Scratch - Version 6.2 )
• Конфигурация клавиатуры в консоли (Arch Wiki)
• Дополнительные клавиши клавиатуры (Arch Wiki)
  дает некоторые подсказки для определения того, что ваша клавиатура использует для клавиши Windows и т.д.)

Модификаторы CtrlL и CtrlR - это разные колонки в карте клавиш, чем обычный модификатор для генерации Control-a и так далее. Вы, вероятно, собираетесь использовать Control для левой и правой клавиш управления, поэтому попробуйте

echo keycode 126 = Control     | loadkeys -