Можно ли «клонировать» с помощью rsync папку в другую, создав только символические ссылки

Правильным способом будет установить нужное вам программное обеспечение вручную, без менеджера пакетов.

Если менеджер пакетов недоступен в вашей системе, часто на это есть веские причины. Либо не хватает места (отсутствие make является хорошим индикатором), либо ваша система не совместима с существующими репозиториями. Таким образом, ваша попытка установить менеджер пакетов может оказаться пустой тратой времени.

Даже если установка менеджера пакетов на вашу систему практически осуществима, вам, вероятно, будет трудно использовать его на системе, которая не поддерживает его. Вам придется как-то сообщить ему, какие файлы у вас уже есть, и какие зависимости эти файлы удовлетворяют. По сути, вам придется переустанавливать всю систему с нуля, используя пакеты, если вы хотите добавить новое программное обеспечение через менеджер пакетов.