Смена символа с помощью другой шаблон в текстовом файле

Решение сценария Python 3

Приведенный ниже сценарий представляет собой явное более "ручное" решение, которое не использует регулярные выражения, но выполняет работу с некоторыми дополнительными соображениями. Ключом к его работе является то, что скрипт открывается для чтения любого файла, который мы предоставили в командной строке, перебирает каждый символ в каждой строке, пытаясь найти скобки. Если мы видим скобки, мы записываем то, что внутри, и, отбрасывая запятые, решаем, числовая это строка или нет. Если это числовая строка - записанные элементы попадают в список слов, который затем перестраивается в строку с помощью функции .join() с ", " в качестве разделителя. Довольно просто.

 #!/usr/bin/env python3
import sys

with open(sys.argv[1]) as fd:
    for line in fd:
        # we're going to store everything into list of words
        # and record individual characters into 'item' string
        # and rebuild everything as we go.
        words = []
        item_found = False
        item = ""
        counter = 0
        for char in line:
            # if we see ( or [ we start recording chars
            # difference is that [ means item already been edited
            # so no need to do anything - just put it into words list
            # as is
            if char == "(" or char == "[":
                item_found = True
                counter = counter + 1
                continue

            if char == ")":
                item_found = False
                if item.replace(",","").isdigit():
                   words.append("[" + item + "]")
                else:
                   words.append("("+item+")")
                item = ""

            if char == "]":
              item_found = False
              item = item + char
              words.append("[" + item) 
              item = ""

            if item_found:
                item = item + char

        # if we didn't see any open brackets or no closing brackets
        # just print the line as is - otherwise give us the altered one
        if counter == 0 or item_found:
            print(line.strip())
        else:
            print(", ".join(words))

Тестовый запуск:

Я взял на себя смелость ввести OP, чтобы добавить дополнительные 2 строки, которые включают пару разных тестовых случаев.

$ # original input file
$ cat input.txt
(1), (3), (1,2,3), (1,2,3,4,5,6,7,8,9), (Fig1) (Fig1,Fig2), (Table-1, Table-2)
(table-25),[1,2,3],(figure-35)
(figure-1),(figure-2)
$ # script output 
$ ./change_brackets.py input.txt                                                          
[1], [3], [1,2,3], [1,2,3,4,5,6,7,8,9], (Fig1), (Fig1,Fig2), (Table-1, Table-2)
(table-25), [1,2,3], (figure-35)
(figure-1), (figure-2)

С 40 000 строк текста он работает довольно быстро:

$ wc -l big_input.txt                                                                     
40000 big_input.txt
$ time ./change_brackets.py big_input.txt  > /dev/null                                    
    0m01.64s real     0m01.60s user     0m00.01s system

Возможное предложение по улучшению (и решению одной из вещей, упомянутых Стефаном ) заключается в изменении if item.replace( ",","").isdigit() в строку if item.replace(",","").replace(".","").isdigit(). Это позволит нам работать и с числами с плавающей запятой (например, 3,1415).

Длинный ? да. Явный? да. Работает ? Ну да.

sed -E 's/[(](([0-9]+,?)+)[)]/[\1]/g'

sed -e 's/(\(\([0-9]\{1,\},\{0,\}\)\{1,\}\))/[\1]/g'

Ищем регулярное выражение [0-9]+,? встречается хотя бы один раз и одновременно ограничен скобками ( и ). В случае успеха внешние скобки меняются на [ ].

Второй оператор sed — это POSIX-версия предыдущего.

С sed:

sed 's/(\([0-9,]*\))/[\1]/g' filename.txt

[0-9,]* — регулярное выражение, соответствующее любому количеству цифр и запятых. Я заключил его в \(\), чтобы можно было повторно использовать его в строке замены как \1. Простые скобки без обратной косой черты обозначают сами себя.Они заменяются на [] (которые не имеют особого значения в строке замены).