bash - Как заставить процесс работать во время работы Skype

Оставив в стороне обоснованные опасения по поводу использования system() в вашей PHP программе:

cp может не иметь стандартизированных опций для этого, которые являются общими для Linux и BSD, но pax имеет.

( cd source && pax -p p -r -w * destination/ )