Ситуации OOM обрабатываются ужасно - лучше отключить подкачку?

Для - relative вы должны вставить точку в путь к исходному каталогу:

rsync -av --relative remote:/a1/a2/.../aN/./one/two ~/workdir/

См. Руководство:

-R, --relative

[...]

Также можно ограничить объем информации о пути, отправляемой как подразумеваемые каталоги для каждого указанного вами пути. Используя современный rsync на отправляющей стороне (начиная с 2.6.7), вы можете вставить точку и косую черту в исходный путь, например:

             rsync -avR /foo/./bar/baz.c remote:/tmp/