Похоже, последняя версия pi - libmicrohttpd10 (= 0.9.37 + dfsg-1 + b1), и эта версия также есть в репозиториях Debian, если я правильно понимаю. https://packages.debian.org/search?keywords=libmicrohttpd-dev
Итак, я думаю, проблема может быть где-то в другом месте?