Создание комбинаций элементов из вектора для ввода в программу

Что насчет этого?

combo.py

import sys
from itertools import combinations
for i in combinations(sys.stdin.readline().strip().split(" "),2):
    print i[0],i[1]

k.sh

#!/usr/bin/env bash

a=(ENCFF002CDP ENCFF002COQ ENCFF002DAJ ENCFF002DCM)

echo "${a[@]}" | python combo.py  | while IFS=" " read -r a b
do
    echo "bedtools intersect -a $a -b $b > $a.$b.intersected"
done

./ k.sh должен сгенерировать

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ > ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ > ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DCM > ENCFF002CDP.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DAJ > ENCFF002COQ.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DCM > ENCFF002COQ.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002DAJ -b ENCFF002DCM > ENCFF002DAJ.ENCFF002DCM.intersected

Это версия awk.
Если вам нужно запустить команду bedtools в системе, удалите "echo" и "\\".

$ awk '{ 
        gsub(/[^0-9A-Z ]/,"")    # delete unneeded chars like "a=(", ")"
        for ( i=1; i < NF; i++) { 
            for (j=(i+1); j <= NF; j++) { 
                system("echo bedtools intersect -a "$i" -b "$j" \\> "$i"."$j".intersected")
            } 
        }  
}' file

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ > ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ > ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DCM > ENCFF002CDP.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DAJ > ENCFF002COQ.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DCM > ENCFF002COQ.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002DAJ -b ENCFF002DCM > ENCFF002DAJ.ENCFF002DCM.intersected

declare -a encode_ids=(ENCFF002CDP ENCFF002COQ ENCFF002DAJ ENCFF002DCM)  

for (( i = 0; i < ${#encode_ids[@]}; ++i )); do
  for (( j = i + 1; j < ${#encode_ids[@]}; ++j )); do
    bedtools intersect -a "${encode_ids[i]}" -b "${encode_ids[j]}" \
      >"${encode_ids[i]}.${encode_ids[j]}".intersected
  done
done

Двойной цикл выше даст вы все комбинации данных идентификаторов, но исключите комбинации одного и того же идентификатора с самим собой, а также избежите объединения идентификатора A с B , если комбинация B с A уже использовался.

Пример массива приведет к следующим запускам bedtool :

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ >ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ >ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DCM >ENCFF002CDP.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DAJ >ENCFF002COQ.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DCM >ENCFF002COQ.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002DAJ -b ENCFF002DCM >ENCFF002DAJ.ENCFF002DCM.intersected