Обновление ядра, но не пакетов

Для записи, с помощью ed вы можете сделать что-то вроде

ed -s infile <<\IN
0r !tail -n 1000 infile
+1,$d
,p
q
IN

Это открывает infile и r вводит вывод tail -n 1000 infile (т.е. вставляет этот вывод перед 1-й строкой), а затем удаляет то, что изначально было 1-й строкой, до конца файла. Замените , p на w , чтобы отредактировать файл на месте.
Имейте в виду, что решения ed не подходят для больших файлов.