Как я могу рекурсивно скопировать скрытый каталог и сохранить его разрешения?

Попробуйте использовать here-doc, чтобы избавиться от конфликтов цитирования (трудно передать это как аргумент ssh без here-doc):

ssh host<<EOF
find /home/*/public_html/wp-config.php -exec sed -i "s/define('WP_DEBUG', false);/define('DISABLE_WP_CRON', 'true');/g" {} \
EOF

Это не заботится о закомментированных вхождениях, измените немного, если нужно.