Определите подкаталоги, которые не содержат определенной строки в конкретном файле.

Используйте другой порядок блоков Host . Хост * соответствует всему, и ssh_config не перезаписывает уже сохраненные записи:

Host hostname0
  Hostname foo
Host hostname1
  Hostname bar
  Port 0
  ProxyCommand ssh -W %h:%p hostname0
Host hostname2
  User username2
  Hostname bat
  Port 1
  ProxyCommand ssh -W %h:%p hostname1
Host *
  User username0

Перемещение Host * в конец заставит его снова работать на вас.