Итак, проблема оказалась моей собственной ошибкой - я создал процесс, который запускается каждые 15 минут. К сожалению, при закрытии процесса его дочерние процессы оставались активными, и я собирал тысячи таких процессов каждые несколько дней.
Время от времени CentOS не хватало памяти и убивал какой-то процесс, чтобы получить больше памяти. Похоже, что cron был убит по этой причине.