Если вы получаете ошибки чтения или записи, то смена инструментов не поможет; диск плохой. Если вы читаете со сломанного диска, вам может помочь такой инструмент, как ddrescue, но это не поможет вам отформатировать его. Получите новый диск.
Похоже, корневая ФС не готова, когда ядро пытается ее загрузить. Использование rootwait или rootdelay в командной строке ядра должно решить проблему.