Вопросы Теги

Свяжите несколько файлов под подкаталогами

Исходная оболочка Unix была оболочкой Thompson. Была также производная его, назвал оболочку PWB.

(Источник: Исторический Unix окружает в Википедии),

5
14.11.2012, 20:16
2 ответа
cd /path/to/Project_2012-158A &&
for dir in Sample*/; do
    for r in R1 R2; do
        outfile=${dir%/}_${r}.fastq
        glob=*_${r}_*.fastq
        cat "$dir"/$glob > "$dir/$outfile" &&
        rm -f "$dir"/$glob
    done
done
6
27.01.2020, 20:35
  • 1
    Спасибо @jw013. Я являюсь новым здесь. Мне бы хотелось проголосовать за Вас. –  Jana 14.11.2012, 23:02
  • 2
    Обратите внимание, что кроме с zsh, который создал бы пустые файлы для каталогов Sample, которые не имеют R1 или файлов R2. –  Stéphane Chazelas 14.11.2012, 23:02
  • 3
    @StephaneChazelas Вы правы. Если бы OP хочет, это было бы тривиально, чтобы проверить на и удалить пустые файлы. Я также полагал, что строки добавления удалили исходные файлы, но в конечном счете решенный не к тому, если OP конкретно не просит его. На данный момент я просто дал самый простой пример. –  jw013 14.11.2012, 23:05
  • 4
    @jw013, там так или иначе, я мог сохранить имена файлов с SampleXXX_R1.fastq и SampleXXX_R2.fastq для каждого образцы? и также удалите исходные файлы? –  Jana 16.11.2012, 00:13
  • 5
    @jw013 я получаю эту ошибку Sample_1008//Sample_1008//Sample_1008 / _ R1.fastq: Никакой такой файл или каталог concatinate_final.sh: строка 6: Sample_1008//Sample_1008//Sample_1008 / _ R2.fastq: Никакой такой файл или каталог concatinate_final.sh: строка 6: Sample_1009//Sample_1009//Sample_1009 / _ R1.fastq: Никакой такой файл или каталог concatinate_final.sh: строка 6: Sample_1009//Sample_1009//Sample_1009 / _ R2.fastq: Никакой такой файл или каталог –  Jana 16.11.2012, 02:34

Как это:

cat ./*/*R2* > result

* - соответствуйте всему

Знайте, что это получит каждое возникновение R2 в имени файла.

4
27.01.2020, 20:35
  • 1
    Спасибо @week, но это связывает все файлы с R2 в один файл. Я не хочу это. Я wan't файлы, которые будут связаны под "каждым" подкаталогом. исключая: в соответствии с каталогом 'Sample_4041' должны быть связаны все файлы с R2, и то же относится к другим подкаталогам также. В конце у меня будет только два файла под каждым демонстрационным подкаталогом –  Jana 14.11.2012, 21:11
  • 2
    @Jana добавляет, что к Вашему вопросу - это - важная часть требования. –  jw013 14.11.2012, 21:51

Теги

Похожие вопросы