Копировать только файлы и только строки, содержащие строку, с сохранением структуры каталогов

В современных файловых системах больше нет способа безопасно стереть файл, потому что журнал может по-прежнему содержать данные, и нет надежного способа перезаписать журнал.

Вы можете попытаться отключить ведение журнала в файловой системе перед удалением, но это ничего не сделает с данными, которые уже могут быть в журнале после записи файла и не будут стерты. Это не совсем безопасно.

Унция профилактики - фунт лекарства; лучше обойти проблему необходимости уничтожения файла полностью, зашифровав файлы с помощью зашифрованного тома. Это избавит вас от необходимости фактически уничтожать ваши данные, при условии, что вы храните ключ в безопасности. В крайнем случае, можно просто использовать dd, чтобы безопасно стереть весь том, используя несколько проходов случайных данных. Если вы не хотите использовать шифрование всего тома, в ext4 также есть шифрование на уровне файлов.