С perl
вы можете применять транслитерацию к определенным входным столбцам с помощью ] карта
например
perl -F"/" -alne 'print join "/", @F[0], map { tr/ABCG/1234/; $_ } @F[1,2]' input
Например, при вводе
Id_animal / Column1 / Column2
ID01 / A / B
ID02 / B / A
AG02 / B / A
ID03 / C / A
ID04 / A / G
, затем
$ perl -F"/" -alne 'print $. == 1? $_ : join "/", @F[0], map { tr/ABCG/1234/; $_ } @F[1,2]' input
Id_animal / Column1 / Column2
ID01 / 1 / 2
ID02 / 2 / 1
AG02 / 2 / 1
ID03 / 3 / 1
ID04 / 1 / 4
в bash вы не можете оперировать переменными, как это делается в любом другом языке. однако эта страница может помочь вам
https://stackoverflow.com/questions/15691942/bash-print-array-elements-on-separate-lines
с уважением