Доступное пространство не меняется при изменении размера раздела

Вам нужно будет либо ввести export HISTFILE в командной строке перед запуском интерпретатора python (или запустить ваш скрипт python), либо добавить export HISTFILE в ваш. bashrc, чтобы он автоматически экспортировался при входе в систему.