Измените разделитель в Zsh% _

Команда manage.py runserver не запускается как демон, поэтому сценарий инициализации находится там, ожидая завершения. Вы можете поставить и в конце двух строк, чтобы сделать их обоими фоновыми.

python3 "/home/pi/Python Projects/episode_tracker/manage.py" runserver 0.0.0.0:12345  --insecure &
python3 "/home/pi/Python Projects/shifts_server/manage.py" runserver 0.0.0.0:23456  --insecure &