Существует ли какой-либо стандарт разрешений для системных каталогов?

Я тоже собираюсь сделать это. Из того, что я читал в другом месте, Kali не включает lvm в свой initrd по умолчанию. Я бы посоветовал установить lvm и перекомпилировать initrd. В качестве альтернативы переустановка Fedora, скорее всего, приведет к получению образа Fedora grub, который должен нормально загружать Kali.