Perl спешит на помощь!
perl -ne 'BEGIN { $search = shift }
print if /^.{41}\Q$search\E$/;
' -- "$myvar" "$filelist"
-n
читает файл построчно. \ Q ... \ E
цитирует внутреннюю часть (см. quotemeta ). Это обрабатывает все специальные символы, которые может содержать переменная. Не забудьте заключить переменные оболочки в двойные кавычки!