Как регистрировать сообщения от модуля pam?

Быть исполняемым - это тип режима. chmod changes modes. chown changes owners (т.е. пользователь, владеющий этим файлом, который имеет биты режима с наибольшей величиной).

Поэтому все, что вам нужно сделать, это chmod a-x <путь>, чтобы удалить бит исполняемости для всех ("a") пользователей. Если вы хотите сделать это только для своего пользователя, владельца ("o"), вы можете использовать o-x.