Вам необходимо использовать cp -p
для сохранения временных меток. В противном случае вы не сможете с пользой сравнить их в следующий раз.
cp -pu /home/imp/imp/msgs/*.MIX /home/imp/imp/msgs/bak/
cp -pu /home/imp/imp/msgs/*.BRD /home/imp/imp/msgs/bak/