На /etc/cron.daily/
у вас есть пользователь (в качестве первого поля), поэтому он может запускать cronjob любого пользователя . AFAIK, это единственная разница.
/etc/cron.daily/
имеет преимущество резервного копирования и развертывания. Файлы в / var / spool / cron / crontabs /
(используемые cronttab -e
более подвержены перезаписи.