cygwin и pdftk

Вместо того, чтобы передавать информацию в командной строке, вы можете изменить свою программу так, чтобы она считывала информацию со стандартного ввода, и запускала ее через подпроцесс, который запускает ее с помощью popen (канал). Просто не забудьте закрыть трубу с помощью pclose , когда закончите.

Дополнительная литература:

• 15.2 Канал в подпроцесс (Библиотека GNU C)
• Python - Как передать строку в subprocess.Popen (используя аргумент stdin)?