счетчики connlimit запускаются заново после восстановления iptables

Похоже, что вы добавили некоторые источники https. Поскольку в вашем sources.list нет источников https, это должно быть что-то в /etc/apt/sources.list.d/.

Возможно, вы также имеете дело с прокси-сервером, который всегда перенаправляет на https.

Вы можете добавить поддержку https apt sources, установив пару пакетов:

apt-get install apt-transport-https ca-certificates

Если ваш apt-get слишком сломан для этого, вы можете скачать пакет напрямую и установить его с помощью dpkg -i. Любые дополнительные зависимости этого пакета могут быть отслежены и получены аналогичным образом (dpkg сообщит вам, если чего-то не хватает).

Если он по-прежнему не работает, вы можете попробовать отредактировать запись в исходном коде, чтобы использовать http вместо https, или просто удалить его и начать заново, следуя инструкциям сопровождающего.