Как установить время для параллельного выполнения составной команды?

Как говорится в сообщении об ошибке, вам не хватает последнего | для завершения команды s :

sed -i 's|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|' exp/garuns.vpz
                                                    ^

Обратите внимание, что, поскольку вы используете одинарные кавычки, $ XXX будет подставлено в файл буквально. Если вам нужно значение переменной XXX , используйте вместо этого двойные кавычки ( sed -i "..." ).

Кроме того, у вас есть начальная косая черта, но нет конечной косой черты в шаблоне, и наоборот в замене. (Это может быть то, что вам нужно, но это кажется странным.)