, который показывает (неизвестного) пользователя, вошедшего в систему: что происходит?

Можно рассматривать файл как одну строку, а затем заменять только новые строки, за которыми следуют два новых строки. Это решение предполагает наличие непустых строк.

bash-4.1$ cat input 
duck
duck
duck
  -- goose
bash-4.1$ perl -0777 -ple 's/\n(?=[^\n]+\n[^\n]+\n)/ /g' input
duck duck duck
  -- goose
bash-4.1$ 

Другим решением было бы объединить строки в массив строк в памяти, а затем объединить этот массив с пробелами, за исключением последней строки, или подсчитать количество строк вначале, а затем с помощью этого числа определить, когда новую строку следует преобразовать в пробел или оставить в покое.