Что делает `minix / config.h`?
root (hd0,0) - Настраивает корневой раздел для GRUB, например (hd0,0) первый жесткий диск, первый раздел и монтирует раздел.
kernel /vmlinuz-i686-up-4GB root=/dev/hda9 - Указывает расположение ядра, которое находится внутри папки /boot. Это расположение связано с оператором root(hd0,0).Корневой раздел указывается в соответствии с соглашением Linux об именовании (/dev/hda9/)
Образ ядра будет смонтирован на корневой файловой системе (/dev/hda9)
./configure скрипты ищут minix/config.h, чтобы определить, собираются они на Minix или нет. Тест определен в specific.m4. Autoconf устанавливает пару переменных при обнаружении Minix, и это все, что он делает - конечно, конкретные сборки могут реагировать по-разному, но это зависит от собираемого проекта, а не от Autoconf.
Как вы заметили, сам тест безвреден. ./configure скрипты генерируются таким образом, чтобы они могли работать на самых разных платформах; в этом, собственно, и весь смысл. Поэтому они включают кучу функций, которые актуальны только для подмножества платформ, и которые вы будете видеть "неудачными" большую часть времени; но нет причин беспокоиться об этом.