sudo mysql_install_db --user=mysql --basedir=/usr/ --ldata=/var/lib/mysql/
fsck
уже выполняется в initrd / initramfs (после нечистого завершения работы требуется на несколько секунд больше при большой активности диска на этом этапе, когда кажется, что журнал воспроизводится повторно), и, таким образом, когда обычные, более подробные проверки файловой системы выполняются из основной системы, она уже чиста.