Я понимаю, что это старая ветка, но вчера вечером мне не удалось найти решение в Интернете, поэтому проблема все еще сохраняется. Кстати, я сделал это на Mint 18. Я понял, что если я извлечу и снова подключусь к своему iPhone 6, папки начнут появляться. Попробуй пару раз. Под этим я просто подразумеваю щелчок по маленькому символу извлечения рядом с устройством в проводнике, а затем щелчок по устройству, чтобы открыть его. Надеюсь, это поможет.