SystemD порождает N процессов?

Если ссылка уже существует, новая ссылка будет создана внутри каталога, указывающего на ссылку. В идеале вы должны удалить / переместить его перед созданием ссылки

/bin/rm /usr/share/tomcat8/.guacamole
ln -s /etc/guacamole/ /usr/share/tomcat8/.guacamole

РЕДАКТИРОВАТЬ: Я видел, что вы создали этот каталог в своем скрипте. Просто удалите эту строку. Тогда он должен работать. Удалите следующую строку из вашего скрипта

mkdir /usr/share/tomcat8/.guacamole