Ошибка при запуске Octave в Ubuntu 16.04

Это типичная проблема awk:

#!/usr/bin/awk -f
BEGIN{ col = -1; l = 0; r = 0; width = 0; }
/^chr[0-9]+:/ {
        ++col;
}
{
        if ( col == 0 ) {
                L[l++] = $0;
        } else {
                R[r++] = $0;
        }
        if ( length ($0) > width ) {
                width = length ($0) ;
        }
}
END {
        for ( i = 0; i < l; ++i ) {
                printf "%-*s %s\n", width, L[i], R[i];
        }
}

Назовите этот скрипт "foo" и сделайте его исполняемым, l и передайте ему ваши данные:

./foo < foo.in

давая

chr10:127293562-127293909 chr11:49214073-49214804
BRUNOL4(Hs/Mm)            BRUNOL4(Hs/Mm)
CPEB4(Hs/Mm)              BRUNOL5(Hs/Mm)
CUG-BP(Hs/Mm)             CPEB2(Hs/Mm)
DAZAP1(Hs/Mm)             CPEB4(Hs/Mm)
ENOX1(Hs/Mm)              CUG-BP(Hs/Mm)
FMR1(Hs/Mm)               HNRNPC(Hs/Mm)

Это предполагает, что левая и правая колонки имеют одинаковое количество элементов, и что у вас только две колонки. awk имеет только одномерные массивы. Если в вашей задаче требуется больше столбцов (скажем, произвольное число), решение в awk (или, предпочтительно, в perl) будет более сложным. Для этого вам понадобится более четкий вопрос, чтобы решить, как сделать это.