diff сообщает об одной и той же строке как о разной в двух файлах

Не рекомендуется вручную изменять файл .config без Kconfig, поскольку это может привести к неожиданному поведению. В вашем случае лучшим решением было бы запустить

make menuconfig

и выбрать параметр конфигурации в menuconfig (параметр, который вы ищете, должен находиться в arch / mips).