В качестве последнего средства, я нашел старую 10/100 ethernet карту от ПК с windows 98 и установил ее в сервер. После ее настройки у меня больше не было ошибок, более 30 ГБ данных. Думаю, встроенный чипсет ethernet не очень хорошо работал с ubuntu. Или я как-то неправильно его настроил.
Редактировать: Хотя я так и не нашел первопричину своей проблемы, обязательно посмотрите поток комментариев под ответом @sourcejedi. Большое спасибо @sourcejedi, @sneep и @dentarg.