Я думаю, что в этом определении пропмана есть несколько ошибок:
$ {end}
должен стоять пробел (это необходимо для того, чтобы интерпретатор правильно закрыл escape-последовательность) % {\ n>%}
следует изменить на \ n% {>%}
или просто \ n>
Итак, последнее приглашение должно выглядеть так:
set prompt="(conda) ${green}%n ${green}@ %m ${cyan}%~ ${white} \n> ${end} "