iotop показывает 1.5 MB/s записи на диск, но все программы имеют 0.00 B/s

Для run-shell обходного пути нет, потому что tmux копирует данные из задания в screen_write_vnputs , отбрасывая все escape-символы (а также большинство другие управляющие символы). Вот соответствующий фрагмент кода:

        if (*ptr == '\001')
            gc.attr ^= GRID_ATTR_CHARSET;
        else if (*ptr > 0x1f && *ptr < 0x7f) {
            size++;
            screen_write_putc(ctx, &gc, *ptr);
        }
        ptr++;