mv: перемещать файл только в том случае, если место назначения не существует

debsums может вам очень помочь. Часто цитируемый debsums -ce выводит список конфигурационных файлов, которые были изменены, из пула отслеживаемых конфигурационных файлов; так что это не полное решение.

Вместо этого следует запустить debsums -e, и игнорировать все файлы, помеченные как "OK". Все остальное - включая файлы, перечисленные debsums как "FAILED", и файлы, не перечисленные debsums вообще, либо было изменено пользователем или скриптом, либо не отслеживается и поэтому требует ручной проверки.