Почему сжатие файла на стандартный ввод с помощью gzip дает меньший результат, чем тот же файл, указанный в качестве аргумента?

Ничего общего с ядром, просто $$ расширяется до идентификатора процесса оболочки, см., Например, Руководство Баша .

($$) заменяется на идентификатор процесса оболочки. В подоболочке () он расширяется до идентификатора процесса вызывающей оболочки, а не до подоболочки.

Вместо знака доллара используйте обратную косую черту или используйте одинарные кавычки, чтобы предотвратить раскрытие:

$ echo "$$" "\$$" '$$'
29058 $$ $$