Это сообщение нормально, если ваш (виртуальный) диск волшебным образом стал больше.
Таблица разделов GPT находится как в начале, так и в конце диска. Это должно сделать его более устойчивым к сбоям.
Когда вы «исправляете» эту проблему, он просто перезаписывает заголовок резервной копии GPT на новом конце вашего диска. Это никак не влияет на существующие разделы при условии, что основной заголовок GPT в начале устройства не поврежден.
Было бы иначе, если бы вы изменили размер логического сектора. К сожалению, GPT все еще зависит от этого ...в этом случае вам нужно знать смещения разделов (в байтах) и воссоздать таблицу разделов с нуля или надеяться, что один из расширенных режимов gdisk
сможет исправить это.