'ls' показывает два идентичных файла в каталоге

Вам было бы неплохо ознакомиться со стандартом иерархии Файловой системы. Он объяснит (подробно), почему именно это так, но он также содержит такую информацию о многих других путях, которые могут вам быть интересны.

Стандарт файловой системы был разработан для использования разработчиками дистрибутивов Unix, разработчиками пакетов и системными реалистами. Тем не менее, он в первую очередь предназначен для того, чтобы быть справочным, а не учебником по управлению файловой системой Unix или иерархией каталогов.