Как удалить столбец или несколько столбцов из файла с помощью команды оболочки?

Проблема, с которой вы столкнулись, - это стандартный "pipe creates subshell" в bash.

например, если вы сделаете

a=10
echo 100 | read a
echo $a

то a все равно будет установлен в 10 с помощью bash.

В вашем случае у вас есть

igreppy | while read ...
do
  ....
done

и все вещи внутри этого while цикла будут находиться в под-оболочке.

Вместо этого его можно переписать, используя подстановку процесса

while read ...
do
  ....
done < <(igreppy ...)

Теперь для цикла while не создается под-оболочка.