Хотя другие ответы с использованием xmodmap верны, есть гораздо более простой способ. Вместо:
Option "XkbOptions" "ctrl:nocaps"
Просто используйте:
Option "XkbOptions" "caps:hyper"
Вы можете найти все опции в /usr/share/X11/xkb/rules/base.lst